Después de Complejo de Mesías, la Patrulla-X había dejado de existir. Su hogar había sido destruido de nuevo, y esta vez, Cíclope y los demás no parecían estar dispuestos a la reconstrucción. O al menos no inmediatamente, ya que evidentemente, la Patrulla-X terminaría volviendo. En las páginas de Patrulla-X, Ed Brubaker y Michael Choi serian los encargados de poner los pilares de las nuevas tramas de la Patrulla, y es que mientras Coloso, Rondador y Lobezno se van de viaje por Rusia buscando exorcizar un viejo demonio de la vida de Peter, en San Francisco está ocurriendo algo extraño, y es que la ciudad está teniendo un más que literal regreso a los años de la movida hippy. Emma Frost, Ángel y Cíclope investigan la situación, lo que permite a Choi recrear a estos personajes al estilo de los años 60, y finalmente, descubren que quien está tras todo esto es Martinique Wyngarde, una de las dos Lady Mente Maestra, a la que consiguen vencer, con el agradecimiento de la ciudad de San Francisco y su alcaldesa, que extiende a la Patrulla una oferta que no pueden rechazar: convertirse en su nuevo centro de operaciones. No es nuevo llevar a la Patrulla-X a la costa Oeste, Claremont ya lo hizo en su tiempo, pero en aquel momento, eran poco más que invitadas de Spiderwoman. En este caso, la mudanza iría para largo... y traería cola. Mientras tanto, en X-Men: Legado, Mike Carey y Scott Eaton dirigirían una trama con multitud de artistas invitados, donde se descubría qué había pasado realmente con Xavier después de ser atacado por Bishop, y es que había sido "secuestrado" por los Acólitos de Magneto. En los primeros números de esta "nueva" colección, Carey llevaría a Xavier a una reconstrucción de sus recuerdos a través de su enfrentamiento con Éxodo en el plano psíquico.
Lo más llamativo de este cambio de estatus mutante, sería el arranque de una nueva encarnación de X-Force, derivada directamente de Complejo de Mesías. El equipo aquí formado por Lobezno, X-23, Sendero de Guerra, Loba Venenosa y Arcángel, se pondría a las órdenes de Cíclope como grupo de operaciones encubiertas para proteger a lo que quedaba de la especie mutante. Los herederos de Stryker y un misterioso recién aparecido llamado Eli Bard serían los primeros objetivos de X-Force, una serie oscura y brutal en cuyos primeros números Loba Venenosa cometería canibalismo y el Ángel recuperaría su aspecto y personalidad del Ángel Oscuro, Kyle y Yost serían los guionistas de la serie hasta su siguiente encarnación (para la que aún quedaba mucho), y los dibujos se irían alternando entre el siniestro Clayton Crain y el mucho menos oscuro Mike Choi, que sin embargo, resultaba extraordinariamente apropiado para esta colección. Mientras tanto, en Factor-X, Peter David seguía jugando con su juguetes, desarrollando las relaciones entre sus personajes de forma magistral (espectacular la relación a tres bandas entre Madrox, Syrin y M... incluso a cuatro bandas si incluimos a Layla, desaparecida en el futuro). Tras hacer frente a la salida de Loba Venenosa del grupo, tendrían que enfrentarse a un plan loco del aún más loco Arcade, dispuesto a destruir por completo el Barrio Mutante de Nueva York, lo que concluiría con el equipo trasladándose a Detroit.
Por otro lado, y mientras el mundo mutante se reorganizaba, estallaba una bomba en el resto del Universo Marvel, que llevaba programándose muchos meses, y que resultaría ser el leit motiv de muchos de los misterios que Bendis había generado en sus series. Como ya habíamos comentado por aquí, en un enfrentamiento entre los Nuevos Vengadores y la Mano, Elektra había caído muerta en manos de Eco, y se había revelado que era una Skrull. Eso había llevado a la paranoia entre los héroes: Spiderwoman había pasado de los Vengadores de Luke Cage a los de Iron Man, los Illuminati desconfiaban los unos de los otros (con motivo), y finalmente, la guerra estallaría en las páginas de Invasión Secreta, con guiones de Bendis y Leinil Francis Yu. Tanto en esta serie de ocho números, como en otros dieciséis números de Vengadores (8 de Nuevos y 8 de Poderosos), los respectivos cuadernos de La Iniciativa, y cruces con todo el universo Marvel, asistíamos al enfrentamiento entre los Skrull y los héroes de la Tierra. Descubríamos a los infiltrados, entre los que destacaba Hank Pym (que había conseguido poner a un Skrull en cada uno de sus equipos de la Iniciativa, salvo los Thunderbolts de Norman Osborn), Rayo Negro, Jarvis, La Mujer Invisible, Dum Dum Dugan y la Condesa de la Fontaine... y Spiderwoman, cuyo lugar había sido ocupado por la propia reina skrull Veranke. El descubrimiento de esta infiltración era uno de los motivos que había llevado a Nick Furia a desaparecer, reuniendo un nuevo equipo a su alrededor, los Guerreros Secretos, y los skrull aprovecharían la paranoia de los héroes para llevarles a una emboscada en la Tierra Salvaje mientras ellos lanzaban un ataque sobre Nueva York utilizando su nueva raza de superskrulls. El enfrentamiento, que se alargaría demasiado en el tiempo, y que en su rama central contaría con un lastre en el estilo de Yu en su dibujo oscuro y sucio (siempre pienso en cómo hubieran quedado esas batallas a gran escala pintadas por Jimmy Cheung, por ejemplo), supondría la reunión por primera vez de Iron Man, el regresado Thor y el nuevo Capitán América (Bucky Barnes que había ocupado el cargo de Steve en el Capitán América de Ed Brubaker), y la muerte de la Avispa, envenenada por el skrull Pym para convertirla en una especie de bomba viviente, pero también la caída en desgracia de todos, ya que el final del conflicto, la derrota de los skrulls, vendría de manos de Norman Osborn. Los Thunderbolts se habían mantenido libres de la infiltración, habían repelido a los skrulls en Washington y finalmente, mientras Iron Man tenía que retirarse del enfrentamiento final debido a la infiltración del ataque skrull en su tecnología StarkTech, Osborn acabaría en persona con la vida de Veranke. Por supuesto, el enfrentamiento no quedaría constreñido a las colecciones de los Vengadores. Greg Pak llevaría a Hércules y un equipo de dioses a luchar contra los dioses skrull, con el MEJOR INFILTRADO de toda la Invasión, los X-Men se enfrentarían a los Skrull en San Francisco, llegando Cíclope a utilizar el Virus del Legado para amenazarles; X-Factor perseguiría al "Elegido" skrull, una especie de talismán de buena suerte en unos números que supondrían un cruce entre los mutantes y Hulka, que tenía el mismo guionista, y el regreso de Larry Stroman a este título, en el que años atrás había trabajado con David, el Capitán Britania y su nuevo equipo hacían frente a los invasores en Inglaterra utilizando la magia y una frase épica ("No más skrulls"... muy grande...)
Los héroes habían triunfado sobre la invasión Skrull, pero... realmente, habían perdido otra batalla, aunque quizá no eran conscientes de ello. Tony Stark había fracasado como primer hombre de Estados Unidos, y había un nuevo héroe del país, Norman Osborn, que estaba dispuesto a cambiar el mundo... y se abría así un nuevo landscape mucho más siniestro para todo el Universo Marvel. Comenzaba así el Reinado Oscuro.